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10-15 years
More than 15 years
Taoyuan City, Taiwan
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技術經理 @SYSTEX 精誠資訊
2021 ~ Present
Hybrid Architect and Backend Engineer
Within one month
張國生 誤打誤撞進了雲領域 莫名其妙接了k8s 之前身為DBA的我 對Cloud 這領域的"人"的"行事做風"還真是陌生阿 但跟google 原廠架構師也合作過 人家也沒那麼大的傲氣 我喜歡後端及雲地整合 也想寫寫Golang及玩玩資料科學 6/30專案告一段落後,離開
Golang
Oracle Database
PostgreSQL
Employed
Ready to interview
Full-time / Interested in working remotely
More than 15 years
臺灣國立空中大學
法律專班
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數據分析師 @忠訓國際
2022 ~ Present
數據分析師、資料科學
Within one month
Python
MySQL
MongoDB
Employed
Not open to opportunities
Full-time / Interested in working remotely
6-10 years
逢甲大學 Feng Chia University
財務金融
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AI Engineer @TSMC 台積電
2022 ~ Present
AI工程師、機器學習工程師、深度學習工程師、資料科學家、Machine Learning Engineer、Deep Learning Engineer、Data Scientist
Within one month
Python
machine learning
Linux
Employed
Full-time / Interested in working remotely
4-6 years
國立臺灣大學 (National Taiwan University)
機械工程研究所
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數據分析師 @中租迪和股份有限公司
2022 ~ Present
Data Analyst 數據分析師 / Data Scientist 資料科學
Within one year
Python
Excel
SQL Server
Employed
Full-time / Interested in working remotely
4-6 years
銘傳大學 Ming Chuan University, MCU
應用統計與資料科學研究所
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Past
副研究員 @財團法人台灣綜合研究院研究四所
2021 ~ 2021
AI工程師、機器學習工程師、深度學習工程師、資料科學家、Machine Learning Engineer、Deep Learning Engineer、Data Scientist
Within one month
1.中長程校務發展計畫 2.高等教育深耕計畫 3.獎勵私立大學校院校務發展計畫 數據研究類: 1.大專校院校務資料庫 2.高教跨域整合資料庫 2.高教跨域整合資料庫 坡地洪旱組 - 專案助理研究員 • 國家災害防救科技中心 七月十
數據分析與視覺化
系統設計
資料庫程式設計
Unemployed
Full-time / Interested in working remotely
4-6 years
國立成功大學
資源工程學系
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Past
博士後研究員 @洛桑大學神經發育疾病實驗室
2023 ~ 2023
Data Scientist, Data Analyst, Machine Learning Engineer
Within one month
藏之資訊並視覺化。 2. 完成三項國際合作研究專案,團隊合作協調,貢獻整合式的神經影像與動物行為平台技術與後續資料分析,成功幫助合作者發表期刊論文。 十一月七月 2017 電生理研究助理 國立清華大學腦科學實驗室 1. 神經電生理訊
Data Science
Data Analysis
Machine Learning
Unemployed
Ready to interview
Full-time / Interested in working remotely
4-6 years
洛桑聯邦理工學院(EPFL)
神經科學
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研發專案經理 @永源金屬科技股份有限公司
2022 ~ Present
研發工程師/產品經理
Within one month
足跡實踐課程結訓證書 工業研究院 六月 2023 國內製造業者面臨產品減碳壓力。從產品碳足跡的盤查計算、分析碳排熱點,以科學數據實證減碳方向。讓學員依碳足跡盤查步驟收集、整理資料,實際動手計算分析碳足跡,使參與者於此實踐 課程中認
Word
Excel
Microsoft Office
Employed
Ready to interview
Full-time / Not interested in working remotely
4-6 years
國立台北科技大學
工程科技
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研發資深工程師 @世界先進積體電路股份有限公司
2022 ~ Present
半導體研發工程師,應用工程師,FAE
Within one month
能力,善於跨部門以及積極與客戶交流,縮短了專案開發時間並提高產品產出效率,滿足客戶期望。 學歷 台灣科技大學材料科學與工程學系 明志科技大學材料工程學系 專案管理 專案 規劃 團隊、跨部門及客戶溝通與協調 新產品分析與改善 目標
JMP
SPC
Microsoft Office
Employed
Open to opportunities
Full-time / Interested in working remotely
4-6 years
台灣科技大學
材料科學與工程學系
Avatar of 曹勝彥.
Avatar of 曹勝彥.
數據分析師(Data Analyst) @同欣電子工業股份有限公司
2023 ~ Present
Data Analyst
Within six months
後因對數據科學/分析充滿熱情,參加了:「勞動部勞動力發展署-物聯網應用設計班」、和「財團法人資訊工業策進會-AI / Big Data 資料分析師養成班」,讓我有一定能力跨入數據科學/分析的領域。 結訓後在 「欣興電子」 擔任智能大數據整合工程師,負責集
Python
JMP
SAS
Employed
Full-time / Interested in working remotely
4-6 years
國立中山大學
物理學系
Avatar of 余文翔.
Avatar of 余文翔.
Past
台灣實驗室主任 @歐洲寶石鑑定所
2016 ~ 2023
Within one year
余文翔 SHO Gemmologist -曾任歐洲寶石鑑定所台灣實驗室主任 -擅長各類光譜科學儀器檢測分析鑑定 -跨部門溝通,統合部門資源執行專案 -各大社團、金融、品牌指定專業講師 - 直播、社群媒體經營之經驗 -整合部門出版專業 書籍 -JLPT N2 Taoyuan,[email protected] 工作經歷 歐
Microsoft Office
Photoshop
Illustrator
Unemployed
Full-time / Interested in working remotely
6-10 years
清雲科技大學
電子工程系

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Definition of Reputation Credits

Technical Skills
Specialized knowledge and expertise within the profession (e.g. familiar with SEO and use of related tools).
Problem-Solving
Ability to identify, analyze, and prepare solutions to problems.
Adaptability
Ability to navigate unexpected situations; and keep up with shifting priorities, projects, clients, and technology.
Communication
Ability to convey information effectively and is willing to give and receive feedback.
Time Management
Ability to prioritize tasks based on importance; and have them completed within the assigned timeline.
Teamwork
Ability to work cooperatively, communicate effectively, and anticipate each other's demands, resulting in coordinated collective action.
Leadership
Ability to coach, guide, and inspire a team to achieve a shared goal or outcome effectively.
More than one year
Research Assistant
中國醫藥大學附設醫院 China Medical University Hospital
2010 ~ Present
Taichung, 北區台中市台灣
Professional Background
Current status
Employed
Job Search Progress
Professions
Biotechnology Researcher, Pharmaceutical Analytical Chemist, Data Analyst
Fields of Employment
Information Services, Pharmaceutical / Biotech, EdTech
Work experience
10-15 years
Management
None
Skills
Independent
Potential
Professional Skills
Prediction
Analysis
Research
Structural Modifications
Computational Chemistry
Friendly
Honesty
Managing Meetings
computer-aided drug design
Word
Excel
powerpoint
Microsoft Office
Communication
Google Drive
Languages
English
Fluent
Chinese
Native or Bilingual
Job search preferences
Positions
生物科技研發人員、醫藥研發人員、生物學專業與研究人員、助理研究人員、研究助理
Job types
Full-time
Locations
台灣台北市, 台灣新北市, 台灣桃園市桃園區桃園
Remote
Interested in working remotely
Freelance
Yes, I freelance in my spare time
Educations
School
高雄醫學大學 生物醫學暨環境生物碩士班
Major
計算生物學- Computational biology
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陳冠宇

您好! 我擅長電腦輔助藥物篩選與設計,憑藉我在生物、化學和資訊科學領域的背景知識和豐富的專業技能和經驗,能夠快速、精確地進行藥物篩選和分析,並使用系統性的方法找出具有藥效活性的小分子。此外,我能夠運用物化特徵和藥理活性預測分析來進一步優化分子結構,提高藥物研發成功率,並增加老藥新用的可能性。我同時擅長評估小分子的活化能和化學合成可行性,以提高藥物研發速度和效率。

  Taichung, North District, Taichung City, Taiwan  https://orcid.org/0000-0002-2773-8748 

學歷

2006 - 2008

高雄醫學大學 生物醫學暨環境生物碩士班

計算生物學- Computational biology

2002 - 2006

高雄醫學大學 生物醫學暨環境生物學系

生物醫學-Biomedical sciences

工作經歷

八月 2010 - 現在

研究助理 Research Assistant  

      -中國醫藥大學附設醫院 China Medical University Hospital

一. 主要工作成果:
A. 利用電腦虛擬藥物篩選與藥代動力學輔助新藥開發與設計。
B. 撰寫研究計畫並將成果發表成論文,迄今已發表學術論文15篇。
C. 建立台灣藥物樣品資料庫

二. 主要工作項目:
1. 電腦輔助藥物篩選&設計;
2. 理論化學計算;
3. 專題研究計畫撰寫&執行;
4. 研究報告&論文撰寫,發表13篇學術論文;
5. 台灣藥物樣品資料庫管理;
6. 電腦系統、網路及週邊設備運作維護及排錯;
7. 其它行政工作。

九月 2009 - 八月 2010

研究助理 Research Assistant

     -高雄醫學大學 Kaohsiung Medical University

1. 電腦輔助藥物篩選&設計;
2. 研究計畫執行及論文撰寫,發表2篇學術論文;
3. 網路、電腦及週邊設備運作維護及排錯;
4. 
其它行政工作。

自傳

【關於我】 

         我是新北市人,為人真誠,做事認真,有效率地完成任務是我的信念。

        我在求學的過程中,跨足了生物、化學與資訊科學等領域,建立了豐富的相關知識和技能,進而成為領域間的溝通橋樑,具有整合新藥開發工作的能力。現今,電腦輔助藥物設計已是新藥開發中非常重要的步驟,不僅可以節省研發成本,還能提高開發效率,是生技醫藥產業發展不可或缺的一環。

        我具有豐富的生技醫藥研究經驗,尤其擅長電腦輔助藥物篩選與設計,以及理論化學計算能力,能夠有效地整合多種專業領域的知識與技能,協助加速新藥的開發。我熟悉各種藥物設計軟體和化學計算軟體,能夠靈活運用這些工具,協助項目團隊進行研究,並具有豐富的研究和開發經驗,可為研發團隊帶來寶貴的貢獻。

【專長技能】

  1. 電腦輔助藥物篩選與設計(包括AutoDock, GOLD等軟體)

  2. 理論化學計算(包括Gaussian, VMD等軟體)

  3. 生物資訊分析(包括NCBI, Python等工具)

  4. 新藥開發流程熟悉(從分子設計到臨床前測試)

  5. 電腦系統管理(熟悉Linux, Windows等作業系統)

 【學歷、經歷和績效】 

  1. 大學 : 就讀於高雄醫學大學生物醫學暨環境生物學系,學習了生物相關的知識和技能。 

  2. 碩士 : 進入系上碩士班生物科技組,主修生物與化學資訊,學習理論生物計算等技能。 

  3. 研究助理 : 曾在高雄醫學大學(1年)和中國醫藥大學附設醫院(14年)擔任研究助理。

    1. 善於各項藥物設計計算,包含藥物篩選模擬、藥效基團模型及理論化學計算等等,

    2. 基礎分子生物學研究。

    3. 迄今已發表學術論文15篇 (https://orcid.org/0000-0002-2773-8748)。   

    4. 電腦及週邊設備、軟體及網路維護。 

  4. 中華崇華文化教育協會文書企劃組組長 :

    1. 安排志工教育訓練並規劃志工服務工作,

    2. 管理衛生福利部志工主機系統的志工資料。

        我深刻認識到,生技醫藥產業需要綜合型研發團隊方能勝任,因此我透過學習和實踐不斷提升自己的綜合實力,期望能為生技醫藥產業帶來不斷的發展和創新。希望我能有機會為貴公司在新藥研發工作上貢獻所長。

Autobiography

【About Me】

       I am from New Taipei City. I believe in being sincere, diligent, and efficient in completing tasks. 

    During my academic journey, I have gained knowledge and skills in various fields, including biology, chemistry, and computer science. I have become a communication bridge between different fields and have the ability to integrate the work of new drug development. Nowadays, computer-aided drug design  (CADD) is an essential step in the development of new drugs. It not only saves R&D costs but also improves development efficiency, making it an indispensable part of the biopharmaceutical industry. 

     I have extensive experience in biopharmaceutical research, especially in computer-aided drug screening and design, as well as theoretical chemical calculation capabilities. I can effectively integrate knowledge and skills from various professional fields to accelerate the development of new drugs. I am familiar with various drug design and chemical calculation software, and can flexibly use these tools to assist project teams in research. I have rich research and development experience and can bring valuable contributions to R&D teams. 

【Professional Skills】

  1. Computer-aided drug screening and design 

  2. Theoretical chemistry calculations 

  3. Bioinformatics analysis 

  4. Familiar with the process of drug development 

  5. Computer system administration Exceptional report writing and publishing skills

      As a bioinformatics and cheminformatics professional, I am passionate about the future of the biotech and pharmaceutical industries. With a strong background in biomedical science, organic chemistry, and information technology, I am committed to contributing my skills and knowledge to advance these fields. Recognizing the need for interdisciplinary talent in biotech and pharma, I continuously strive to improve my skills and enhance my expertise in order to drive innovation and progress in these industries. I am excited to utilize my unique combination of skills and experience to make meaningful contributions to the growth and development of biotech and pharma.

專業表現(I)

藥物篩選流程(I)

Virtual screening

藥物篩選設計策略,從資料庫中找出具抑制ACE2蛋白活性潛力藥物。

分子對接(I)

Molecular docking

計算小分子對接於ACE2蛋白的位置與構形;分析參與結合的胺基酸。

藥效基團模型

Pharmacophore

預測小分子在3D空間的結合方式,並分析其可能的交互作用力模式。


藥物篩選流程(II)

Virtual screening

系統性地建立藥物篩選流程,從資料庫中找出具抑制生物活性的藥物。

多標靶分子模型

Muti-Target

針對多個目標蛋白篩選出適合的小分子,以開發具多標靶抑制能力藥物。

定量構效關係(I)

2D-QSAR

以物化特徵,建立定量構效關係函式,分析重要物化特徵及篩藥模式。


專業表現(II)

分子對接(II)

Molecular docking

計算小分子對接於DNA的位置與構形並分析其重要結合作用力。

定量構效關係(II)

3D-QSAR

在力場環境下,建立定量構效關係式,分析小分子可衍生修飾區域

分子能量

Potential energy

利用量子化學方法計算分子能量,並評估其化學反應的可行性。


分子動力學計算

Molecular dynamics

利用分子動力學方法計算與評估小分子與目標蛋白結合的穩定性變化。

結合自由能計算

Binding free energy

在分子動力學計算後,使用MMPBSA方法計算小分子與蛋白質之結合能。

胺基酸結合能分析

Energy decomposition

以MMPBSA分析影響小分子與目標蛋白結合的胺基酸及其能量。


專業表現(III)


台灣藥物樣品資料庫 

Taiwan Database of Extracts and Compounds (TDEC)

https://tdec.kmu.edu.tw/

整合台灣藥物樣品資料

TDEC提供功能性資源整合平台,包含天然藥物樣品資料、生物活性數據資料、物化特性數據計算、多點媒合加值服務及藥物研究專家資料庫等功能。

增加跨領域合作機會

TDEC整合各領域研究資訊,進行新藥開發跨領域及跨地域之合作,實現國內新藥開發研究資源整合及共享平台。

The poster presentation was shown at the 21st International Congress of International Society for Ethnopharmacology (ISE) on 28-31 May 2022 in Taichung, Taiwan.

專長

電腦輔助藥物篩選與設計

(A)海量篩選具藥效潛力之藥物。

(B)分析小分子與蛋白質結合關係。

(C)找出最適小分子結合位的化合物結構。

(D)優化小分子藥理活性。

(E)研究報告及論文撰寫發表 。

(F)熟悉各式藥物計算軟體,如下:

     1. 藥物篩選: 

         (1) 分子對接計算: GOLD, AutoDock Vina, Discovery Studio Libdock/CDOCKER;

         (2) 定量結構活性關係模式計算: Discovery Studio QSAR MODEL, Sybyl-X;

         (3) 藥效基團模型計算: Discovery Studio 3D QSAR Pharmacophore/DS PharmaDB; 

     2. 蛋白結構模擬:    

         Discovery Studio Homology Models; SWISS-MODEL web tool; I-TASSER server; 

     3. 結構相似性比對:

         Discovery Studio; OpenBabel; ChemBioOffice ChemFinder;

     4. 分子動力學分析:

         Gromacs; Discovery studio (CHARMm);

     5. 分子模擬:

         Discovery Studio; Avogadro; PyMOL; Chimera; AutoDock tool; ChemBioOffice;

     6. 臨床藥效分析: 

         (1) ADME/T: Discovery Studio, pkCSM website;

         (2) Druglikeness: SwissADME wetsite;

     7. 結合自由能計算:  gmx_MMPBSA;  

 

理論化學計算

(A)計算小分子能量、活化能及過渡態結構模式。 

(B)評估及解釋化學合成路徑的合理性。 

(C)研究報告及論文撰寫發表 

(D)熟悉理論化學計算軟體,如下: 

     1. 量子力學計算: Gaussian; Gauss View; Avogadro;

     2. 分子力學計算: Discovery Studio; ChemBioOffice; Avogadro;

 

生物學專業與研究

(A)生物學研究知識及分生實驗經驗。 

(B)研究報告及論文撰寫發表。 

(C)相關細生及分生實驗操作經驗 


其他工作技能

電腦設備裝配、資訊設備環境設定、作業系統基本操作、文書處理軟體操作、電子試算表軟體操作、簡報軟體操作、文件管理中心之建立與維護、檔案管理之電腦化策略、輸入資料與原始文件檔案比對審核、統計軟體操作、新藥研發實驗規劃執行、進行生藥與藥學研究發展 

1. 辦公室應用類:Adobe Acrobat、Excel、PowerPoint、Word,尤善於PowerPoint簡報製作

2. 網路技術類:FTP, VNC等。 

3. 作業系統類:Linux (Ubuntu), Windows (XP, 7, 8,10,11)。 

4. 程式設計類:Java, Python。 

5. 網站及資料庫設計。 

6. 辦公室相關電腦軟硬體設定及維護。 

7. 其它行政業務。

技能


  • Computer-aided drug design
  • Structural Modifications
  • QSAR
  • Pharmacophore
  • Virtual screening
  • Molecular docking
  • Computational Chemistry
  • Independent
  • Friendly

語言


  • English — 進階
  • Chinese — 母語或雙語

論文發表

  1. Jang, Y.-J.; Chen, G.-Y.; Jhan, Y.-L.; Lo, P.-T.; Hsu, W.-Y.; Wang, K.; Hsu, Y.-T.; Lee, C.-L.; Yang, Y.-L.; Wu, Y.-C. Chemo- and Regioselective Construction of Functionalized Isocoumarin, Flavone, and Isoquinolinedione via a One-pot Reaction of o-Quinol Acetate and Soft Nucleophiles. Advanced Synthesis & Catalysis 2023, accepted.

  2. Chen, G.-Y.; Pan, Y.-C.; Wu, T.-Y.; Yao, T.-Y.; Wang, W.-J.; Shen, W.-J.; Ahmed, A.; Chan, S.-T.; Tang, C.-H.; Huang, W.-C. Potential natural products that target the SARS-CoV-2 spike protein identified by structure-based virtual screening, isothermal titration calorimetry and lentivirus particles pseudotyped (Vpp) infection assay. Journal of Traditional and Complementary Medicine 2022, 12 (1), 73-89. 

  3. Ma, W.-L.; Chang, N.; Yu, Y.; Su, Y.-T.; Chen, G.-Y.; Cheng, W.-C.; Wu, Y.-C.; Li, C.-C.; Chang, W.-C.; Yang, J.-C. Ursolic acid silences CYP19A1/aromatase to suppress gastric cancer growth. Cancer Medicine 2022, 11 (14), 2824-2835. 

  4. Winardi, D.; Chu, P.-Y.; Chen, G.-Y.; Wang, K.; Hsu, W.-Y.; Hsieh, C.-L.; Chen, Y.-H.; Wu, Y.-C.; Yang, J.-C. Novel Aurora A Kinase Inhibitor Fangchinoline Enhances Cisplatin–DNA Adducts and Cisplatin Therapeutic Efficacy in OVCAR-3 Ovarian Cancer Cells-Derived Xenograft Model. International Journal of Molecular Sciences 2022, 23 (3), 1868. 

  5. Wu, F.-L.; Chu, P.-Y.; Chen, G.-Y.; Wang, K.; Hsu, W.-Y.; Ahmed, A.; Ma, W.-L.; Cheng, W.-C.; Wu, Y.-C.; Yang, J.-C. Natural anthraquinone compound emodin as a novel inhibitor of aurora A kinase: A pilot study. Chemical Biology & Drug Design 2022, 99 (1), 126-135. 

  6. Dai, Y.-H.; Chen, G.-Y.; Tang, C.-H.; Huang, W.-C.; Yang, J.-C.; Wu, Y.-C. Drug screening of potential multiple target inhibitors for estrogen receptor-α-positive breast cancer. in vivo 2021, 35 (2), 761-777. 

  7. Wang, K.; Yang, J.-C.; Jang, Y.-J.; Chen, G.-Y.; Zhang, Y.-J.; Dai, Y.-H.; Zhang, D.-Y.; Wu, Y.-C. 19-(Benzyloxy)-19-oxojolkinolide B (19-BJB), an ent-abietane diterpene diepoxide, inhibits the growth of bladder cancer T24 cells through DNA damage. Plos one 2021, 16 (3), e0248468. 

  8. Weng, I.-T.; Lin, Y.-A.; Chen, G.-Y.; Chiang, H.-M.; Liu, Y.-J.; Chen, C.-J.; Lan, Y.-H.; Lee, C.-L. (–)-β-Homoarginine anhydride, a new antioxidant and tyrosinase inhibitor, and further active components from Trichosanthes truncata. Natural product research 2020, 34 (16), 2262-2268. 

  9. Chien, C.-M.; Yang, J.-C.; Wu, P.-H.; Wu, C.-Y.; Chen, G.-Y.; Wu, Y.-C.; Chou, C.-K.; Tseng, C.-H.; Chen, Y.-L.; Wang, L.-F. Phytochemical naphtho [1, 2-b] furan-4, 5‑dione induced topoisomerase II-mediated DNA damage response in human non-small-cell lung cancer. Phytomedicine 2019, 54, 109-119. 

  10. Tung, J.-C.; Huang, W.-C.; Yang, J.-C.; Chen, G.-Y.; Fan, C.-C.; Chien, Y.-C.; Lin, P.-S.; Candice Lung, S.-C.; Chang, W.-C. Auramine O, an incense smoke ingredient, promotes lung cancer malignancy. Environmental toxicology 2017, 32 (11), 2379-2391. 

  11. Lai, K.-H.; Liu, Y.-C.; Su, J.-H.; El-Shazly, M.; Wu, C.-F.; Du, Y.-C.; Hsu, Y.-M.; Yang, J.-C.; Weng, M.-K.; Chou, C.-H.; Chen, G.-Y.; Chen Y.-C.; Lu, M.-C. Antileukemic scalarane sesterterpenoids and meroditerpenoid from Carteriospongia (Phyllospongia) sp., induce apoptosis via dual inhibitory effects on topoisomerase II and Hsp90. Scientific reports 2016, 6 (1), 1-14.

  12. Lee, C.-L.; Lin, Y.-T.; Chang, F.-R.; Chen, G.-Y.; Backlund, A.; Yang, J.-C.; Chen, S.-L.; Wu, Y.-C. Synthesis and biological evaluation of phenanthrenes as cytotoxic agents with pharmacophore modeling and ChemGPS-NP prediction as topo II inhibitors. PloS one 2012, 7 (5), e37897.

  13. Lin, Y.-T.; Chen, G.-Y. A scaffold-independent subcellular event-based analysis: characterization of significant structural modifications. Journal of chemical information and modeling 2012, 52 (2), 506-514. 

  14. Lai, W.-C.; Wang, H.-C.; Chen, G.-Y.; Yang, J.-C.; Korinek, M.; Hsieh, C.-J.; Nozaki, H.; Hayashi, K.-I.; Wu, C.-C.; Wu, Y.-C. Using the pER8: GUS reporter system to screen for phytoestrogens from Caesalpinia sappan. Journal of natural products 2011, 74 (8), 1698-1706. 

  15. Yang, J.-C.; Lu, M.-C.; Lee, C.-L.; Chen, G.-Y.; Lin, Y.-Y.; Chang, F.-R.; Wu, Y.-C. Selective targeting of breast cancer cells through ROS-mediated mechanisms potentiates the lethality of paclitaxel by a novel diterpene, gelomulide K. Free Radical Biology and Medicine 2011, 51 (3), 641-657.

Resume
Profile

陳冠宇

您好! 我擅長電腦輔助藥物篩選與設計,憑藉我在生物、化學和資訊科學領域的背景知識和豐富的專業技能和經驗,能夠快速、精確地進行藥物篩選和分析,並使用系統性的方法找出具有藥效活性的小分子。此外,我能夠運用物化特徵和藥理活性預測分析來進一步優化分子結構,提高藥物研發成功率,並增加老藥新用的可能性。我同時擅長評估小分子的活化能和化學合成可行性,以提高藥物研發速度和效率。

  Taichung, North District, Taichung City, Taiwan  https://orcid.org/0000-0002-2773-8748 

學歷

2006 - 2008

高雄醫學大學 生物醫學暨環境生物碩士班

計算生物學- Computational biology

2002 - 2006

高雄醫學大學 生物醫學暨環境生物學系

生物醫學-Biomedical sciences

工作經歷

八月 2010 - 現在

研究助理 Research Assistant  

      -中國醫藥大學附設醫院 China Medical University Hospital

一. 主要工作成果:
A. 利用電腦虛擬藥物篩選與藥代動力學輔助新藥開發與設計。
B. 撰寫研究計畫並將成果發表成論文,迄今已發表學術論文15篇。
C. 建立台灣藥物樣品資料庫

二. 主要工作項目:
1. 電腦輔助藥物篩選&設計;
2. 理論化學計算;
3. 專題研究計畫撰寫&執行;
4. 研究報告&論文撰寫,發表13篇學術論文;
5. 台灣藥物樣品資料庫管理;
6. 電腦系統、網路及週邊設備運作維護及排錯;
7. 其它行政工作。

九月 2009 - 八月 2010

研究助理 Research Assistant

     -高雄醫學大學 Kaohsiung Medical University

1. 電腦輔助藥物篩選&設計;
2. 研究計畫執行及論文撰寫,發表2篇學術論文;
3. 網路、電腦及週邊設備運作維護及排錯;
4. 
其它行政工作。

自傳

【關於我】 

         我是新北市人,為人真誠,做事認真,有效率地完成任務是我的信念。

        我在求學的過程中,跨足了生物、化學與資訊科學等領域,建立了豐富的相關知識和技能,進而成為領域間的溝通橋樑,具有整合新藥開發工作的能力。現今,電腦輔助藥物設計已是新藥開發中非常重要的步驟,不僅可以節省研發成本,還能提高開發效率,是生技醫藥產業發展不可或缺的一環。

        我具有豐富的生技醫藥研究經驗,尤其擅長電腦輔助藥物篩選與設計,以及理論化學計算能力,能夠有效地整合多種專業領域的知識與技能,協助加速新藥的開發。我熟悉各種藥物設計軟體和化學計算軟體,能夠靈活運用這些工具,協助項目團隊進行研究,並具有豐富的研究和開發經驗,可為研發團隊帶來寶貴的貢獻。

【專長技能】

  1. 電腦輔助藥物篩選與設計(包括AutoDock, GOLD等軟體)

  2. 理論化學計算(包括Gaussian, VMD等軟體)

  3. 生物資訊分析(包括NCBI, Python等工具)

  4. 新藥開發流程熟悉(從分子設計到臨床前測試)

  5. 電腦系統管理(熟悉Linux, Windows等作業系統)

 【學歷、經歷和績效】 

  1. 大學 : 就讀於高雄醫學大學生物醫學暨環境生物學系,學習了生物相關的知識和技能。 

  2. 碩士 : 進入系上碩士班生物科技組,主修生物與化學資訊,學習理論生物計算等技能。 

  3. 研究助理 : 曾在高雄醫學大學(1年)和中國醫藥大學附設醫院(14年)擔任研究助理。

    1. 善於各項藥物設計計算,包含藥物篩選模擬、藥效基團模型及理論化學計算等等,

    2. 基礎分子生物學研究。

    3. 迄今已發表學術論文15篇 (https://orcid.org/0000-0002-2773-8748)。   

    4. 電腦及週邊設備、軟體及網路維護。 

  4. 中華崇華文化教育協會文書企劃組組長 :

    1. 安排志工教育訓練並規劃志工服務工作,

    2. 管理衛生福利部志工主機系統的志工資料。

        我深刻認識到,生技醫藥產業需要綜合型研發團隊方能勝任,因此我透過學習和實踐不斷提升自己的綜合實力,期望能為生技醫藥產業帶來不斷的發展和創新。希望我能有機會為貴公司在新藥研發工作上貢獻所長。

Autobiography

【About Me】

       I am from New Taipei City. I believe in being sincere, diligent, and efficient in completing tasks. 

    During my academic journey, I have gained knowledge and skills in various fields, including biology, chemistry, and computer science. I have become a communication bridge between different fields and have the ability to integrate the work of new drug development. Nowadays, computer-aided drug design  (CADD) is an essential step in the development of new drugs. It not only saves R&D costs but also improves development efficiency, making it an indispensable part of the biopharmaceutical industry. 

     I have extensive experience in biopharmaceutical research, especially in computer-aided drug screening and design, as well as theoretical chemical calculation capabilities. I can effectively integrate knowledge and skills from various professional fields to accelerate the development of new drugs. I am familiar with various drug design and chemical calculation software, and can flexibly use these tools to assist project teams in research. I have rich research and development experience and can bring valuable contributions to R&D teams. 

【Professional Skills】

  1. Computer-aided drug screening and design 

  2. Theoretical chemistry calculations 

  3. Bioinformatics analysis 

  4. Familiar with the process of drug development 

  5. Computer system administration Exceptional report writing and publishing skills

      As a bioinformatics and cheminformatics professional, I am passionate about the future of the biotech and pharmaceutical industries. With a strong background in biomedical science, organic chemistry, and information technology, I am committed to contributing my skills and knowledge to advance these fields. Recognizing the need for interdisciplinary talent in biotech and pharma, I continuously strive to improve my skills and enhance my expertise in order to drive innovation and progress in these industries. I am excited to utilize my unique combination of skills and experience to make meaningful contributions to the growth and development of biotech and pharma.

專業表現(I)

藥物篩選流程(I)

Virtual screening

藥物篩選設計策略,從資料庫中找出具抑制ACE2蛋白活性潛力藥物。

分子對接(I)

Molecular docking

計算小分子對接於ACE2蛋白的位置與構形;分析參與結合的胺基酸。

藥效基團模型

Pharmacophore

預測小分子在3D空間的結合方式,並分析其可能的交互作用力模式。


藥物篩選流程(II)

Virtual screening

系統性地建立藥物篩選流程,從資料庫中找出具抑制生物活性的藥物。

多標靶分子模型

Muti-Target

針對多個目標蛋白篩選出適合的小分子,以開發具多標靶抑制能力藥物。

定量構效關係(I)

2D-QSAR

以物化特徵,建立定量構效關係函式,分析重要物化特徵及篩藥模式。


專業表現(II)

分子對接(II)

Molecular docking

計算小分子對接於DNA的位置與構形並分析其重要結合作用力。

定量構效關係(II)

3D-QSAR

在力場環境下,建立定量構效關係式,分析小分子可衍生修飾區域

分子能量

Potential energy

利用量子化學方法計算分子能量,並評估其化學反應的可行性。


分子動力學計算

Molecular dynamics

利用分子動力學方法計算與評估小分子與目標蛋白結合的穩定性變化。

結合自由能計算

Binding free energy

在分子動力學計算後,使用MMPBSA方法計算小分子與蛋白質之結合能。

胺基酸結合能分析

Energy decomposition

以MMPBSA分析影響小分子與目標蛋白結合的胺基酸及其能量。


專業表現(III)


台灣藥物樣品資料庫 

Taiwan Database of Extracts and Compounds (TDEC)

https://tdec.kmu.edu.tw/

整合台灣藥物樣品資料

TDEC提供功能性資源整合平台,包含天然藥物樣品資料、生物活性數據資料、物化特性數據計算、多點媒合加值服務及藥物研究專家資料庫等功能。

增加跨領域合作機會

TDEC整合各領域研究資訊,進行新藥開發跨領域及跨地域之合作,實現國內新藥開發研究資源整合及共享平台。

The poster presentation was shown at the 21st International Congress of International Society for Ethnopharmacology (ISE) on 28-31 May 2022 in Taichung, Taiwan.

專長

電腦輔助藥物篩選與設計

(A)海量篩選具藥效潛力之藥物。

(B)分析小分子與蛋白質結合關係。

(C)找出最適小分子結合位的化合物結構。

(D)優化小分子藥理活性。

(E)研究報告及論文撰寫發表 。

(F)熟悉各式藥物計算軟體,如下:

     1. 藥物篩選: 

         (1) 分子對接計算: GOLD, AutoDock Vina, Discovery Studio Libdock/CDOCKER;

         (2) 定量結構活性關係模式計算: Discovery Studio QSAR MODEL, Sybyl-X;

         (3) 藥效基團模型計算: Discovery Studio 3D QSAR Pharmacophore/DS PharmaDB; 

     2. 蛋白結構模擬:    

         Discovery Studio Homology Models; SWISS-MODEL web tool; I-TASSER server; 

     3. 結構相似性比對:

         Discovery Studio; OpenBabel; ChemBioOffice ChemFinder;

     4. 分子動力學分析:

         Gromacs; Discovery studio (CHARMm);

     5. 分子模擬:

         Discovery Studio; Avogadro; PyMOL; Chimera; AutoDock tool; ChemBioOffice;

     6. 臨床藥效分析: 

         (1) ADME/T: Discovery Studio, pkCSM website;

         (2) Druglikeness: SwissADME wetsite;

     7. 結合自由能計算:  gmx_MMPBSA;  

 

理論化學計算

(A)計算小分子能量、活化能及過渡態結構模式。 

(B)評估及解釋化學合成路徑的合理性。 

(C)研究報告及論文撰寫發表 

(D)熟悉理論化學計算軟體,如下: 

     1. 量子力學計算: Gaussian; Gauss View; Avogadro;

     2. 分子力學計算: Discovery Studio; ChemBioOffice; Avogadro;

 

生物學專業與研究

(A)生物學研究知識及分生實驗經驗。 

(B)研究報告及論文撰寫發表。 

(C)相關細生及分生實驗操作經驗 


其他工作技能

電腦設備裝配、資訊設備環境設定、作業系統基本操作、文書處理軟體操作、電子試算表軟體操作、簡報軟體操作、文件管理中心之建立與維護、檔案管理之電腦化策略、輸入資料與原始文件檔案比對審核、統計軟體操作、新藥研發實驗規劃執行、進行生藥與藥學研究發展 

1. 辦公室應用類:Adobe Acrobat、Excel、PowerPoint、Word,尤善於PowerPoint簡報製作

2. 網路技術類:FTP, VNC等。 

3. 作業系統類:Linux (Ubuntu), Windows (XP, 7, 8,10,11)。 

4. 程式設計類:Java, Python。 

5. 網站及資料庫設計。 

6. 辦公室相關電腦軟硬體設定及維護。 

7. 其它行政業務。

技能


  • Computer-aided drug design
  • Structural Modifications
  • QSAR
  • Pharmacophore
  • Virtual screening
  • Molecular docking
  • Computational Chemistry
  • Independent
  • Friendly

語言


  • English — 進階
  • Chinese — 母語或雙語

論文發表

  1. Jang, Y.-J.; Chen, G.-Y.; Jhan, Y.-L.; Lo, P.-T.; Hsu, W.-Y.; Wang, K.; Hsu, Y.-T.; Lee, C.-L.; Yang, Y.-L.; Wu, Y.-C. Chemo- and Regioselective Construction of Functionalized Isocoumarin, Flavone, and Isoquinolinedione via a One-pot Reaction of o-Quinol Acetate and Soft Nucleophiles. Advanced Synthesis & Catalysis 2023, accepted.

  2. Chen, G.-Y.; Pan, Y.-C.; Wu, T.-Y.; Yao, T.-Y.; Wang, W.-J.; Shen, W.-J.; Ahmed, A.; Chan, S.-T.; Tang, C.-H.; Huang, W.-C. Potential natural products that target the SARS-CoV-2 spike protein identified by structure-based virtual screening, isothermal titration calorimetry and lentivirus particles pseudotyped (Vpp) infection assay. Journal of Traditional and Complementary Medicine 2022, 12 (1), 73-89. 

  3. Ma, W.-L.; Chang, N.; Yu, Y.; Su, Y.-T.; Chen, G.-Y.; Cheng, W.-C.; Wu, Y.-C.; Li, C.-C.; Chang, W.-C.; Yang, J.-C. Ursolic acid silences CYP19A1/aromatase to suppress gastric cancer growth. Cancer Medicine 2022, 11 (14), 2824-2835. 

  4. Winardi, D.; Chu, P.-Y.; Chen, G.-Y.; Wang, K.; Hsu, W.-Y.; Hsieh, C.-L.; Chen, Y.-H.; Wu, Y.-C.; Yang, J.-C. Novel Aurora A Kinase Inhibitor Fangchinoline Enhances Cisplatin–DNA Adducts and Cisplatin Therapeutic Efficacy in OVCAR-3 Ovarian Cancer Cells-Derived Xenograft Model. International Journal of Molecular Sciences 2022, 23 (3), 1868. 

  5. Wu, F.-L.; Chu, P.-Y.; Chen, G.-Y.; Wang, K.; Hsu, W.-Y.; Ahmed, A.; Ma, W.-L.; Cheng, W.-C.; Wu, Y.-C.; Yang, J.-C. Natural anthraquinone compound emodin as a novel inhibitor of aurora A kinase: A pilot study. Chemical Biology & Drug Design 2022, 99 (1), 126-135. 

  6. Dai, Y.-H.; Chen, G.-Y.; Tang, C.-H.; Huang, W.-C.; Yang, J.-C.; Wu, Y.-C. Drug screening of potential multiple target inhibitors for estrogen receptor-α-positive breast cancer. in vivo 2021, 35 (2), 761-777. 

  7. Wang, K.; Yang, J.-C.; Jang, Y.-J.; Chen, G.-Y.; Zhang, Y.-J.; Dai, Y.-H.; Zhang, D.-Y.; Wu, Y.-C. 19-(Benzyloxy)-19-oxojolkinolide B (19-BJB), an ent-abietane diterpene diepoxide, inhibits the growth of bladder cancer T24 cells through DNA damage. Plos one 2021, 16 (3), e0248468. 

  8. Weng, I.-T.; Lin, Y.-A.; Chen, G.-Y.; Chiang, H.-M.; Liu, Y.-J.; Chen, C.-J.; Lan, Y.-H.; Lee, C.-L. (–)-β-Homoarginine anhydride, a new antioxidant and tyrosinase inhibitor, and further active components from Trichosanthes truncata. Natural product research 2020, 34 (16), 2262-2268. 

  9. Chien, C.-M.; Yang, J.-C.; Wu, P.-H.; Wu, C.-Y.; Chen, G.-Y.; Wu, Y.-C.; Chou, C.-K.; Tseng, C.-H.; Chen, Y.-L.; Wang, L.-F. Phytochemical naphtho [1, 2-b] furan-4, 5‑dione induced topoisomerase II-mediated DNA damage response in human non-small-cell lung cancer. Phytomedicine 2019, 54, 109-119. 

  10. Tung, J.-C.; Huang, W.-C.; Yang, J.-C.; Chen, G.-Y.; Fan, C.-C.; Chien, Y.-C.; Lin, P.-S.; Candice Lung, S.-C.; Chang, W.-C. Auramine O, an incense smoke ingredient, promotes lung cancer malignancy. Environmental toxicology 2017, 32 (11), 2379-2391. 

  11. Lai, K.-H.; Liu, Y.-C.; Su, J.-H.; El-Shazly, M.; Wu, C.-F.; Du, Y.-C.; Hsu, Y.-M.; Yang, J.-C.; Weng, M.-K.; Chou, C.-H.; Chen, G.-Y.; Chen Y.-C.; Lu, M.-C. Antileukemic scalarane sesterterpenoids and meroditerpenoid from Carteriospongia (Phyllospongia) sp., induce apoptosis via dual inhibitory effects on topoisomerase II and Hsp90. Scientific reports 2016, 6 (1), 1-14.

  12. Lee, C.-L.; Lin, Y.-T.; Chang, F.-R.; Chen, G.-Y.; Backlund, A.; Yang, J.-C.; Chen, S.-L.; Wu, Y.-C. Synthesis and biological evaluation of phenanthrenes as cytotoxic agents with pharmacophore modeling and ChemGPS-NP prediction as topo II inhibitors. PloS one 2012, 7 (5), e37897.

  13. Lin, Y.-T.; Chen, G.-Y. A scaffold-independent subcellular event-based analysis: characterization of significant structural modifications. Journal of chemical information and modeling 2012, 52 (2), 506-514. 

  14. Lai, W.-C.; Wang, H.-C.; Chen, G.-Y.; Yang, J.-C.; Korinek, M.; Hsieh, C.-J.; Nozaki, H.; Hayashi, K.-I.; Wu, C.-C.; Wu, Y.-C. Using the pER8: GUS reporter system to screen for phytoestrogens from Caesalpinia sappan. Journal of natural products 2011, 74 (8), 1698-1706. 

  15. Yang, J.-C.; Lu, M.-C.; Lee, C.-L.; Chen, G.-Y.; Lin, Y.-Y.; Chang, F.-R.; Wu, Y.-C. Selective targeting of breast cancer cells through ROS-mediated mechanisms potentiates the lethality of paclitaxel by a novel diterpene, gelomulide K. Free Radical Biology and Medicine 2011, 51 (3), 641-657.