1999年9月21日發生集集大地震，許多急診醫師投入災難救援的行列，我們的專業表現得到政府及民眾的讚揚，災難醫學及緊急應變開始受到重視。急診醫師協助了國家和區域防災醫療體系的建立、災難醫療救援隊的設置、大量傷患醫療的處理、災難的健康及公共衛生的衝擊評估、毒化物、生物和輻射災害的處理訓練等，皆展現了急診專科醫師不可取代的專業價值。2003年台灣嚴重呼吸道症候群(Severe Acute Respiratory Syndrome，SARS)疫情爆發，急診成為SARS期間的第一道防線，急診醫師首當其衝在第一線面對不確定的感染風險。當時雖有醫護同仁因此感染SARS而生病甚至死亡，但急診醫師仍堅守崗位，也因此得到大家的尊敬。SARS疫情也讓我們開始重視新興傳染病的應變，爾後傳染病流行的應變準備，本會都扮演重要的角色。急診專科的價值在急診醫師大家的努力下，一點一滴的建立起來。

為培育能以病人為中心、具有急診醫學專業能力以及全人關懷信念之急診醫學科專科醫師，本會協助衛生署規劃於1998年頒布「急診醫學科專科醫師訓練醫院認定基準」。針對訓練急診醫師的醫院條件、住院醫師訓練政策、師資資格及責任、訓練計畫、課程及執行方式、學術活動、特定教學資源及住院醫師及教師的評估訂定相關標準並據以評核。為更進一步強化住院醫師訓練，本會於2011年規劃導入Milestone里程碑概念於住院醫師訓練計畫中，並於2014年公告本會所編訂之「台灣急診醫學臨床執業模式 (簡稱：急診醫學模式 Emergency Medicine Model，EM MODEL) 」及「台灣急診醫學里程碑計畫 The Emergency Medicine Milestone Project」，持續推動急診醫學專業發展與勝任能力導向住院醫師訓練。
急救復甦是急診醫師的專長，為強化高級心臟救命術(Advanced Cardiovascular Life Support，ACLS)訓練課程的教學品質，本會與急救加護醫學會、心臟醫學會於1996年共同籌備成立ACLS聯委會，推動ACLS教學。為訓練臨床工作人員能快速辨認和正確處置兒童急重症，本會於2005年訂定高級兒童救命術(Advanced Pediatric Life Support，APLS/ Pediatric Advanced Life Support，PALS)規範，並致力推動APLS+PALS訓練教學。2005年起，本會代表也透過亞洲復甦聯合會與國際復甦聯合會，積極參與國際復甦指引的相關制定工作。事故傷害造成國家社會之嚴重損失，若能在外傷發生時，使患者獲得立即正確傷情評估及處理，可使傷殘及死亡之發生減至最低。本會於2003年建立「急診創傷訓練課程® (Emergency Trauma Training Course，ETTC ®)」，並取得著作商標認證。該課程以案例導向教學、實際操作演練等方式，訓練急診醫護人員對外傷病患，能以系統性的思考，提供快速、有效及正確的處置，使外傷病人都能受到完善的醫療照顧。
中毒病人的診斷及處理是急診醫學領域裡十分重要的一環，幾乎所有急性中毒的病人都會被送到急診進行初步的診治。為訓練急診醫師、護理人員及其他相關救護人員能快速而正確的處理中毒病人，本會於2009年建立「急性中毒救命術課程（Advanced Intoxication Life Support，AILS）」，取得「急性中毒救命術AILS®」商標註冊、出版教科書，並於2017年完成第三版修訂。

推動打造我國高品質的到院前救護系統，是本會重要的使命。1999年本會與消防署及衛生署共同舉辦國內第一屆緊急醫療救護訓練教官班(EMT Instructor Course)，並派遣急診醫師與消防署之第一期EMT訓練教官前往加拿大受訓。 2002年台北市消防局訓練國內第一批高級救護技術員(EMT-Paramedics)之後，本會持續接受衛生署委託，辦理國內各訓練單位高級救護技術員之甄審與發證。2007年在本會建議下，「緊急醫療救護法」修正通過，將醫療指導醫師(Medical Director)制度納入，本會積極培育國內醫療指導醫師，並協助各縣市消防局制定到院前救護標準作業流程，使到院前之救護品質更加提昇 目前國內各級救護技術員教科書，均為本會所編纂，其中在2011年出版之高級救護技術員教科書，全文976頁，是華文世界最詳實精美的緊急救護用書。
2004年本會參與衛生署「緊急醫療災難應變指揮中心(Emergency Operation Center，EOC)」計畫之推動，委託各地區醫療機構成立六個「區域緊急醫療應變中心」，由各地急診醫師負責指揮運作，全時監控區域災害事故，協助掌握各區域之緊急醫療應變之量能、緊急醫療應變資訊，並辦理各項緊急醫療應變（包含：化災、輻傷、災難醫療等）訓練演習，充實區域內緊急醫療應變硬體設備，提升區域內緊急醫療應變軟硬體量能，於災害發生時，協助提供中央與地方政府緊急醫療應變相關資料。
本會2005年設置檢傷工作小組，為五級檢傷基準之建立而努力。衛生署於2006年委託本會與中華民國急重症護理學會，研究制訂符合台灣就醫環境及文化之急診五級檢傷分類標準，並於2010年公告施行。「急診五級檢傷」的實施讓急診部門得以妥善運用有限緊急醫療資源，在適當的時間內，於適當的地方，使用適當資源進行正確處置，得以讓危急病人即時獲得最妥適之醫療照護。「急診五級檢傷」於2016年通過SNQ國家品質標章評鑑認證。
2007年本會參與衛生署「急救責任醫院分級試辦計畫」及後續的「醫院緊急醫療能力分級評定」，並依據「醫院緊急醫療能力分級標準」針對醫院緊急醫療處置效能及照護品質進行評核，對我國醫院的緊急醫療處置能力加以分級，使病人了解各醫院之處理能力，推動分級醫療制度。2012年本會承辦衛生福利部「提升急診暨轉診品質專案管理中心計畫」，提升急診轉診品質、架構緊急傷病患轉診網絡、建置緊急傷病患轉診資訊化平台、設立緊急傷病患轉診標準作業程序，以維護重大疾病綠色通道，讓緊急傷病患轉診兼具品質及效率。2011起，本會協助衛生福利部規劃公共場所設置公用自動體外心臟電擊去顫器(Public Access Defibrillator，PAD)相關政策，並在2013年1月成功完成緊急醫療救護法修訂，使台灣生命之鏈更完整，成為亞洲有PAD以及好撒馬利亞人相關法律的先驅。

為提升急診醫學的學術研究水準，繼而朝立足國際學術的目標邁進，本會於1999年創立「中華民國急診醫學會醫誌」。由於急診先進的共同努力，台灣的緊急醫療體系，病患照護與病人安全在國際間獲得肯定，於2000年成為國際急診醫學會聯盟（International Federation for Emergency Medicine, IFEM）的正式會員，參與國際之災難救助及急診醫學相關之政策規劃、教育訓練及跨國研究。本會於2001年、2015年分別主辦第二屆及第八屆亞洲急診醫學會議( Asian Conference for Emergency Medicine，ACEM)；亞洲急診醫學會議(ACEM)是亞洲急診醫學領域的國際級論壇，提供全球急診醫師交流學習的重要平臺。與會的學者與醫師於會議期間，面對面探討各國在急診醫學的發展政策、學術研究及急診醫學上各項相關議題，創造跨國性的技術與學術交流。主辦二屆ACEM均非常成功，代表我國急診醫學已於國際急診醫學界佔有一席之地。

在本會成立後，由於急診醫師對民眾突發性的危急疾病的救治、在各種災難現場搶救、在SARS疫情中冒自己生命危險的服務，使得急診專科的價值被社會接受與肯定。回顧過去急診醫學的發展，在未來有更多的挑戰，如何能在未來醫療環境中更加茁壯，是我們要面對的議題。在急診各專業領域如復甦醫學、小兒急診、創傷、臨床毒物學、緊急醫療、災難醫學、超音波、感染症等，本會均努力規劃發展精進。急診醫學在醫療體系的角色在未來一定越來越受到政府、民眾及醫界的重視。